Aufgrund des Familienhintergrundes seiner Frau, der Psychiaterin Dr. med. Tilde Marchionini, und der zu erwartenden Verfolgung durch die Nationalsozialisten, bewarb sich Marchionini 1938 um die Leitung der Dermatologie in einem Musterkrankenhaus in Ankara/Türkei und wurde dorthin berufen.
Er legte den wissenschaftlichen Grundstein für die dermatologische Abteilung, die später in die Universitätsklinik Ankara eingegliedert wurde.
Die folgenden Jahre waren geprägt von wissenschaftlicher Arbeit, dem überaus empathischen Umgang mit seinen Patienten und dem Aufbau und der Pflege internationaler Kontakte zu Berufskollegen in aller Welt. In wunderbarer Weise gelang ihm hier die Synthese zweier sehr elementarer Wesenszüge seiner Persönlichkeit: die Ernsthaftigkeit, mit der er seiner Berufung nachging und die Leichtigkeit, mit der er auf Menschen zugehen konnte.

1948 kehrten die Marchioninis nach Deutschland zurück. Für drei Jahre wurde Alfred Marchionini in Hamburg Direktor der neuen Hautund Poliklinik am Universitätskrankenhaus Eppendorf. In dieser Zeit hielt er zahlreiche Vorlesungen im Ausland, die sehr dazu beitrugen, die internationalen Kontakte der deutschen Dermatologie nach dem 2. Weltkrieg zu erneuern und ihr Ansehen in der Medizin wieder herzustellen. Außerdem widmete Marchionini sich daneben auch der Würdigung verdienter Dermatologen wie Paul Gerson Unna und Leo Ritter von Zumbusch in Form von Gedächtnisvorlesungen.